小五郎應京都寺院的邀請，前往京都調查寺內八年前佛像盗竊事件。寺院早前得到佛像下落的線索，是一件有不同圖案的圖畫，提供給小五郎，以便儘快尋回佛像。同時間，東京、大阪和京都發生殺人事件，三個城市的警方調查後，發現事件中的死者都是盗賊團「源氏螢」的成員，毎人都有一個代名，以《易經》內的傳統人物命名。
服部亦因此事，前往京都調查殺人事件的真相。期間遇上柯南，兩人一起調查兩宗事件，發現兩宗事件都有共同點，有助解開八年前佛像盗竊事件。在調查期間亦發生殺人案，服部因此而受襲，和葉亦因查找施襲者線索而被人挾持。
故事特色
- 這次故事以京都為背景
- 故事利用盗賊團「源氏螢」的成員被殺，引申故事的發展
- 帶出服部過往在京都發生的事
- 新一與小蘭相遇
