本片的內容主要是描述柯南一行人前往露營時，在回家途中順道參觀一座位於西多摩市境內即將在近期完成的全日本最高雙子摩天大樓。而這摩天大樓的所有者同時也邀請了小五郎與小蘭前來參加落成典禮，因與柯南一行人偶然巧遇，一行人在帶領之下參觀了這座長的一模一樣的最尖端高科技雙子摩天大樓。但是，此時在這摩天大樓裡卻出現了多位與此建築物有著不同關係的詭異人士！接著第一個殺人事件發生了……。而且，令人不敢相信的是《黑暗組織》的成員竟然同時也在大樓附近出現，這讓人不免想到灰原哀自從那些日子以來，在深夜裡究竟是在跟誰聯絡……。最後，不管目暮警官等人如何的勸說，尖塔的啟用典禮仍繼續進行。為了查出這場發生在總樓層高為300公尺的高科技摩天大樓的殺人事件真相，柯南將與其宿敵──也就是當初逼迫工藤新一喝下毒藥使他身體縮小的兇手 ──『黑色組織』展開一場史上最恐怖的攻防戰……。
其實兇手最後是如月峰水先生,動機是因為她建的這兩座大廈把富士山的景色切成了兩半, 而手法則是準備了一條和美緒相同的珍珠項鍊,借機把她戴的那條弄掉並重新幫她戴上自己所準備的項鍊,項鍊牽著一條線綁在螢幕上,等螢幕升起就可將美緒吊死.而灰原晚上偷偷聯絡的人是她姐姐,只是想聽聽姐姐聲音的她卻沒料到組織的人就在旁竊聽,所以組織最後也去了那棟大樓,並把大樓炸掉一部分想逼灰原出來,不過後來柯南就化解了危機並在最後一秒帶著少年偵探隊逃向安全的地方
